GWAS phân tích bản đồ di truyền tập đoàn giống bắp bản địa

 GWAS phân tích bản đồ di truyền tập đoàn giống bắp bản địa

Nguồn: Tobias Würschum, Thea M. Weiß, Juliane Renner, H. Friedrich Utz, Alfons Gierl, Rafal Jonczyk, Lilla Römisch-Margl, Wolfgang Schipprack, Chris-Carolin Schön, Tobias A. Schrag, Willmar L. Leiser & Albrecht E. Melchinger. 2022.  High-resolution association mapping with libraries of immortalized lines from ancestral landraces

 

Theoretical and Applied Genetics; January 2022; vol. 135: 243–256

 

 

Bản đồ di truyền “association” trên cơ sở các dòng ngô bản địa cho kết quả tốt với nhiều ưu điểm thông qua mức độ phân giải cao, chứng minh hệ gen cây bắp được xác định bởi nhiều biến thể  theo diễn giải QTL điều khiển tính trạng hàm lượng dầu thực vật và chất biến dưỡng allantoin.

 

Các giống ngô bản địa đại diện cho tập đoàn giống có giá trị di truyền là nguồn gen được bảo quản đáp ứng với yêu cầu trong tương lai đối với những thách thức trong nông nghiệp. Ở đây, các tác giả của công trình nghiên cứu này thực hiện phương pháp association mapping tập đoàn giống bắp bao gồm 358 dòng immortalized từ sáu quân thể bắp răng ngựa European Flint. Giá trị di truyền LD (linkage disequilibrium) suy giảm nhanh hơn rất nhiều trong quần thể giống bắp bản địa so với dòng bắp cao sản, cho phép người ta thực hiện bản đồ di truyền phân giải cao  highNgười ta đã minh chứng điều ấy bằng fine-mapping một QTL điều khiển tính trạng hàm lượng dầu chuyển hóa thành đoạn phân tử chèn phenylalanine F469 trong DGAT1-2 như là một biến thể gây hiệu ứng mới (causal variant). Đối với cơ chất biến dưỡng allantoin, có liên quan đến phản ứng stress phi sinh học, người ta đã phân lập được các đa hình promoter và sự biểu hiện có tính chất khác biệt của men allantoinase như một nguyên nhân giả định của biến thiên di truyền. Kết quả chứng minh được khả năng của phương pháp tiếp cận như vậy để phát hiện ra QTL có tiềm năng làm suy giảm những variants gây hệ quả mới, tiến đến sử dụng các alen tự nhiên hoặc nhân tạo bằng công nghệ di truyền phục vụ cho cải tiến giống bắp. Bên cạnh đó, ngưởi ta hướng dẫn  quy trình nghiên cứu sử dụng các dòng bản địa cổ truyền (ancestral landraces) phục vụ nghiên cứu di truyền giống cây trồng và lai tạo giống.

 

Xem: https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-021-03963-3