Blog Archive

CÂY NGÔ VIỆT NAM

Sunday, August 4, 2024

Phân tử 24-nt phasiRNAs trước gián phân giảm nhiễm trong hệ gen chi Zea và tính độc nhất trong cơ chế “biogenesis” cũng như chứ năng phân tử

 Phân tử 24-nt phasiRNAs trước gián phân giảm nhiễm trong hệ gen chi Zea và tính độc nhất trong cơ chế “biogenesis” cũng như chứ năng phân tử

Nguồn: Junpeng ZhanSébastien BélangerScott LewisChong TengMadison McGregorAleksandra BericMichael A. SchonMichael D. Nodine, and Blake C. Meyers. 2024. Premeiotic 24-nt phasiRNAs are present in the Zea genus and unique in biogenesis mechanism and molecular function PNAS May 13, 2024; 121 (21) e2402285121

 

Trước đây người ta ghi nhận có hai lớp phân loại về reproductive phasiRNAs (phased, small interfering RNAs) trong hệ gen cây bắp, đó là premeiotic 21-nt (nucleotides) phasiRNAs và meiotic 24-nt phasiRNAs. Bây giờ, người ta ghi nhận một lớp thứ ba của reproductive phasiRNAs, có tên là premeiotic 24-nt phasiRNAs. Nó hiện diện trong chi Zea, bao gồm trong 5 dòng bắp cận giao và 3 dòng bắp thuộc loài phụ teosinte mà các tác giả đã xem xét, cộng thêm hệ gen cây lúa. Riêng với chi Zea, phân tử 24-nt phasiRNAs trước gián phân giảm nhiễm khác biệt rõ với 24-nt phasiRNAs gián phân đẳng nhiễm theo cơ chế kích hoạt (triggering mechanism), effector protein, và chức năng phân tử.

 

Reproductive phasiRNAs (phased, small interfering RNAs) hiện diện phổ biến trong in thực vật hạt kín (angiosperms) có vai trò quan trọng trong duy trì khả năng sinh sản của phấn hoa. Trong khi, phân tử 21-nt (nucleotides) phasiRNAs tiền gián phân giảm nhiễm và tiền gián phân đẳng nhiễm đã và đang được nghiên cứu rất sạu trong hệ gen cây bắp (Zea mays) cũng như cây lúa (Oryza sativa), một chuẩn mực giả đinh thứ ba của reproductive phasiRNAs, có tên là premeiotic 24-nt phasiRNAs vừa mới được công bố gần đây trên cây  lúa mạch (Hordeum vulgare), lúa mì (Triticum aestivum). Muốn xác định được premeiotic 24-nt phasiRNAs trong hệ gen cây bắp và loài có liên quan người ta tiến hành định tính đặc điểm “biogenesis” của chúng và chức năng, người ta hoàn thiện dữ liệu transcriptome so sánh và phân tích được degradome của bao phấn trước và trong gián phân đẳng nhiễm của 5 dòng bắp cận giao, 3 loài/loài phụ teosinte. Cở sở dữ liệu cho biết có một subset khá rõ tại loci của 24-nt phasiRNA trong cây bắp trồng và cây bắp teosinte biểu hiện mạnh mẽ trong pha “premeiotic”. Phân tử premeiotic 24-nt phasiRNAs giống với phân tử meiotic 24-nt phasiRNAs trong hệ gen gốc và dộc lập với DCL5 (Dicer-like 5) để thực hiện “biogenesis” (phát sinh học), tuy nhiên, phân tử premeiotic 24-nt phasiRNAs rất độc đáo, dường như (i) không bi6 kích hoạt bởi microRNAs, (ii) không bị nạp vào bởi AGO18 proteins, và (iii) không thể trung gian trong sự kiện cắt rời tiền chất PHAS. Bên cạnh đó, người ta còn ghi nhận một nhóm phân tử premeiotic 24-nt phasiRNAs trong cây lúa  có cơ sở dữ liệu khá đủ trước đây. Kết quả cho thấy phân tử premeiotic 24-nt phasiRNAs thiết lập nên một lới rất độc đáo của phasiRNAs sinh dục, hiện diện phổ biến trong họ Hòa Bản (Poaceae) nhiều hơn những gì mà chúng ta đã biết trước đây.

 

Xem https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2402285121

No comments:

Post a Comment