Nguồn cấu trúc protein bắp trong cơ sở dữ liệu hệ gen và di truyền cây bắp

 Nguồn cấu trúc protein bắp trong cơ sở dữ liệu hệ gen và di truyền cây bắp

Nguồn: Margaret R Woodhouse  , John L Portwood, Shatabdi Sen, Rita K Hayford, Jack M Gardiner , Ethalinda K Cannon, Lisa C Harper , Carson M Andorf. 2023. Maize Protein Structure Resources at the Maize Genetics and Genomics Database. Genetics; 2023 Feb 9; iyad016. doi: 10.1093/genetics/iyad016.

 

Cấu trúc phân tử protein đóng vai trò quan trọng trong tin sinh học, ví dụ như dự đoán chức năng gen hoặc minh chứng việc chú thi1vch di truyền mô hình gen. Tuy nhiên, xác định cấu trúc protein cho đến nay vẫn còn rất đắt tiền và tốn nhiều thời gian, mà kết quả vẫn còn đang kẹt như nút thắt cổ chai về cấu trúc ấy. Với sự phát triển của AlphaFold và ESMFold, nút thắt cổ chai này đã và đang được giảm dần bởi thứ tự độ lớn, cho phép chúng ta so sánh được cấu trúc protein của toàn hệ gen (entire genomes) trong khung thời gian hợp lý. Cơ sở dữ liệu có tên là  MaizeGDB đã tận dụng được thính đột phá của kỹ thuật này bởi nhận về nhiều công cụ để thúc đẩy nhanh hơn kết quả so sánh protein giữa cây bắp và cây trồng khác cũng như genome người và nấm men (yeast). MaizeGDB còn nhận được kết quả tải hàng loạt dữ liệu cấu trúc protein khác, bên cạnh thông tin dự đoán “annotation” (giải thích chi tiết di truyền). Theo đó, MaizeGDB sẵn sàng hỗ trợ các nhà nghiên cứu bắp đánh giá sự tương đồng về chức năng, chất lượng annotation sự mô phỏng gen, và thông tin khác không thể có đối với nhà khoa học bắp cách đây ít năm thôi.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36755109/

 

Hình:  Biểu đồ hình cột biểu thị trong website (hàng tháng) tại cơ sở dữ liệu MaizeGDB. Trục x-là năm.